Очолює Господарський суд міста Києва голова суду. З метою належної організації роботи Господарського суду міста Києва керуючись ст. 24 Закону України «Про судоустрій і статус суддів» визначено наступні адміністративні повноваження голови Господарського суду міста Києва.

Голова Господарського суду міста Києва Князьков Валерій Володимирович:

• здійснює організаційне керівництво діяльністю Господарського суду міста Києва;
• здійснює безпосереднє організаційне керівництво суддями спеціалізованих колегій;
• представляє суд як орган державної влади у зносинах з іншими органами державної влади, органами місцевого самоврядування, фізичними та юридичними особами;
• визначає адміністративні повноваження заступників голови Господарського суду міста Києва;
• координує взаємодію господарського суду з Державною судовою адміністрацією України та її Територіальним управлінням у місті Києві, Вищим господарським судом України та іншими органами державної влади з питань діяльності Господарського суду міста Києва;
• контролює ефективність діяльності апарату суду, вносить керівникові Територіального управління Державної судової адміністрації України подання про призначення на посаду керівника апарату суду, заступника керівника апарату суду та про звільнення іх з посад, а також  про застосування до керівника апарату суду, його заступника заохочення або накладення дисциплінарного стягнення відповідно до законодавства;
• видає на підставі акта про призначення (обрання) суддею чи звільнення судді з посади відповідний наказ;
• повідомляє Вищу кваліфікаційну комісію суддів України та Державну судову адміністрацію України, а також через веб-портал судової влади про наявність вакантних посад суддів у суді у триденний строк з дня їх утворення;
• забезпечує виконання рішень зборів суддів Господарського суду міста Києва;
• контролює ведення в суді судової статистики, дбає про інформаційно-аналітичне забезпечення суддів з метою підвищення якості судочинства;
• координує взаємодію господарського суду з правоохороними та контролюючим органами;
• забезпечує виконання вимог щодо підвищення кваліфікації суддів Господарського суду міста Києва;
• видає накази і розпорядження з питань, що належать до його адміністративних повноважень;
• має право першого підпису на фінансових документах;
• здійснює аналіз дотримання суддями процесуальних строків та вимог процесуального законодавства;
• координує роботу відділу автоматизованого докуметообігу суду (моніторингу виконання документів (канцелярія), фінансово-економічного та режимно-секретного відділів;
• здійснює інші повноваження, визначені законом.

         У разі відсутності голови Господарського суду міста Києва його адміністративні повноваження здійснює один із заступників голови суду за визначенням голови суду, за відсутності такого визначення – заступник голови суду, який має більший стаж роботи на посаді судді, а в разі відсутності заступника голови суду – суддя цього суду, який має більший стаж роботи на посаді судді.

Заступник голови Господарського суду міста Києва Босий Вадим Петрович:

Здійснює адміністративні повноваження, передбачені ст. 25 Закону України «Про судоустрій і статус суддів»

Заступник голови Господарського суду міста Києва Паламар Петро Іванович:

Здійснює адміністративні повноваження, передбачені ст. 25 Закону України «Про судоустрій і статус суддів»

До функціональних обов'язків заступників голови суду віднесено:

• виконання обов'язків голови суду у разі його відсутності та користування правом першого підпису;
• представлення господарського суду у відносинах з іншими органами та організаціями з окремих питань, визначених головою суду;
• здійснення безпосереднього організаційного керівництва суддями спеціалізованих колегій;
• очолювання тендерного комітету Господарського суду міста Києва та координація проведення допорогових електронних закупівель;
• очолювання постійно діючої експертної комісії суду;
• організація та контроль роботи по узагальненню судової практики та систематизації законодавства;
• здійснення контролю виконання наказу від 08.07.2015 №66 «Про здійснення контролю за направленням судових рішень до Єдиного державного реєстру судових рішень», пункту 4 наказу від 01.12.2016 №71 «Про вдосконалення документообігу суду»;
• організація та контроль роботи, направленої на виконання вимог Закону України «Про доступ до публічної інформації»;
• очолювання комісії з розгляду питань про інвентаризацію, передачу, списання товарно-матеріальних цінностей, грошових документів, бланків суворої звітності суду та забезпечення організації роботи з використання, збереження та списання у встановленому порядку основних фондів, товарно-матеріальних цінностей, а також здійснення безпосереднього контролю за схоронністю і цільовим використанням майна суду;
• організація ведення та аналізу судової статистики у відділах, безпосереднє керівництво якими здійснюють;
• організація роботи по підготовці проектів планів роботи суду, їх узгодження з підрозділами суду та затвердження головою суду;

Разом із керівником апарату суду:

• координація роботи відділу захисту інформації, адміністрування баз даних та інформаційних технологій; відділу господарського забезпечення;
• координація роботи служби судових розпорядників;
• здійснення організаційної роботи та забезпечення діяльності підрозділів суду, судових відділів, направленої на дотримання ними норм матеріального і процесуального законодавства та інструкції з діловодства;
• систематичне проведення відповідних нарад із суддями відділів, безпосереднє керівництво якими здійснює;
• організація роботи з ведення обліку суддів, які потребують поліпшення житлових умов;
• відповідно до затвердженого головою суду графіку ведення особистого прийому громадян та представників юридичних осіб з питань організаційного забезпечення судочинства, крім звернень і скарг громадян та представників юридичних осіб з приводу розгляду конкретних справ по суті;
• координація роботи відділу аналітичної роботи, статистики та аналізу застосування судової практики; відділу управління персоналом та антикорупційного моніторингу; відділу забезпечення діяльності судових колегій;
• організація роботи по проведенню занять з підвищення кваліфікації працівників апарату суду; створення та забезпечення умов підвищення кваліфікації. Розробка відповідних планів і програм;
• систематичне проведення відповідних нарад з працівниками апарату суду;
• організація збору інформації, вивчення та аналізу судової практики. Подання голові суду відповідних статистичних даних та внесення пропозицій щодо застосування однакової судової практики;
• здійснення заходів зі збору інформації для аналізу практики виконання судових рішень, ухвал, постанов, у тому числі з розгляду скарг на дії державних виконавців. За результатами аналізу внесення відповідних пропозицій голові суду;
• здійснення розробки і вжиття заходів, спрямованих на дотримання суддями процесуальних строків при вирішенні спорів та якості розгляду справ;
• проведення вивчення судових справ та інших матеріалів для аналізу та узагальнення причин і обставин, що зумовлюють подання апеляційних скарг на прийняті судові рішення. За наслідками аналізу внесення голові суду відповідних пропозицій;
• організація і забезпечення охорони приміщення суду та підтримання громадського порядку у суді, у тому числі при проведенні судових засідань в залах суду;
• організація і забезпечення діяльності суду з питань охорони та безпеки праці, цивільної оборони, протипожежної безпеки;
• забезпечення виконання заходів особистої безпеки суддів, їх сімей, майна та інших заходів правового захисту;
• організація роботи по належному утриманню будівель суду щодо надання послуг з електро-тепло-водопостачання, з контролю функціонування каналізаційних і вентиляційних систем у службових приміщеннях. У випадку аварій вжиття з відповідними державними та комунальними службами необхідні заходів для усунення цих аварій і негативних явищ та організовує проведення відновлювальних робіт;
• організація роботи по належному утриманню будівель суду щодо надання послуг з електро-тепло-водопостачання, з контролю функціонування каналізаційних і вентиляційних систем у службових приміщеннях. У випадку аварій вжиття з відповідними державними та комунальними службами необхідні заходів для усунення цих аварій і негативних явищ та організовує проведення відновлювальних робіт;
• здійснення організації контролю за дотриманням всіма працівниками суду трудової дисципліни та правил внутрішнього трудового розпорядку;
• здійснення організаційної роботи по матеріальному, соціальному, медичному забезпеченню суддів та працівників апарату суду;
• координація взаємодії господарського суду з Державною судовою адміністрацією України та її Територіальним управлінням в місті Києві, Вищим господарським судом України та іншими органами судової системи з питань організаційного та методологічного забезпечення діяльності Господарського суду міста Києва. Внесення голові суду відповідних пропозицій;
• внесення голові суду письмових пропозицій щодо поліпшення організації роботи та виконання завдань суду;
• здійснення функцій судді у відповідності до чинного законодавства;
• за дорученням голови суду виконання інших повноважень організаційного та адміністративного порядку щодо належної організації діяльності суду;
• у межах визначених головою суду функціональних обов’язків та з метою їх виконання видання розпоряджень.